Danke dafür an leod:
Ja, ist behebbar. Das liegt am sogenannten "Item Memory Index", welchen das Spiel benutzt um sich daran zu erinnern, welche Münzen du im Level eingesammelt hast, damit diese nicht wieder erscheinen, nachdem du in einem anderen Sublevel unterwegs warst.
Wenn allerdings zwei Sublevel in einem Level den gleichen Index verwenden, dann denkt das Spiel, dass der Spieler in dem neuen Level schon Münzen eingesammelt hat, wenn der Spieler aber in Wahrheit nur Münzen im ersten Sublevel eingesammelt hat.

Um das zu beheben, klick auf den Mario-Knopf in der Leiste oben und verändere da den Index, so dass nie zwei Sublevels in einer Stage den gleichen verwenden.
Wenn du das nicht vermeiden kannst, mach es eben so, dass niemals Münzen in zwei deiner Sublevel in der gleichen horizontalen Reihe sind, da das Spiel dann denkt, dass es sich um dieselbe Münze handelt.